1、只由母公司在支付工资、薪金时，按税法规定减除费用，计算扣缴个人所得税；子公司支付的工资、薪金不再减除费用，以支付全额直接确定适用税率，计算扣缴个人所得税。
2、凡按上述合同或协议规定所发生的服务费，母公司应作为营业收入申报纳税；子公司作为成本费用在税前扣除。因此，A公司向B公司收取的服务费，应作为营业收入缴纳企业所得税，B公司支付A公司的服务费，允许在企业所得税前扣除。
3、母子公司分别为不同的法人主体，按税法规定分别计算申报缴纳企业所得税。需要特别说明的是，母子公司间提取的管理费不得企业所得税前扣除。
4、母子公司间服务费，取得服务费的一方需要计入收入，计入利润总额缴纳企业所得税。母子公司间服务费，支付费用的一方需要计入管理费用核算，在计算企业所得税的时候税前扣除，抵扣企业所得税的应纳税额。
5、如果确实是分公司，一般说来，应当通过总公司汇总申报并缴纳企业所得税。如果是子公司（现在很多人分公司和子公司概念混淆，具有法人资格，一般说来，是就地申报并缴纳所得税。
6、两笔工资合计纳税，在母公司按月工资计算，缴纳个税；在子公司，按合并的金额计税，然后实际缴纳税额=应交个税-母公司缴纳的个税。按子公司的实际工资申报收入，按个税差额缴纳。
1、分公司 应当通过总公司汇总申报并缴纳企业所得税。如果是 子公司 ，是具有法人资格的，一般是就地申报并缴纳所得税。
2、分公司按销售额申报增值税，同时按总公司分配的所得税申报季度所得税。如果分公司采取独立核算，那么 账务要就独立记账，独立做账务报表，独立申报纳税，与总公司无关。总公司只对年度财务报表进行合并。
3、独立法人资格的分公司需单独申报，无独立法人资格的分公司则合并申报。所得税是各地政府在不同时期对个人应纳税收入的定义和征收的百分比不尽相同，有时还分稿费收入、工资收入以及偶然所得（例如彩票中奖）等等情况分别纳税。
1、分公司做年度汇算清缴，具体操作步骤如下：分清分支机构：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
2、五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。根据以上规定，如果分公司当年成立，当年是由总机构直接申报。第二年由总公司汇总后算出，分配给分公司再行申报的。
3、分支机构的汇算清缴由总机构负责，所以一般不需要。
4、分公司不是独立的企业所得税纳税人，不需要做年末的汇算清缴工作，由总公司统一汇算清缴。